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哈茨木霉菌通过营养竞争、重寄生、细胞壁分解酵素、以及诱导植物产生抗性等抑制植物和土壤病原菌的有益微生物真菌多重机制，对多种植物病原菌产生拮抗作用，具有保护和治疗双重功效，可有效防治土传性真菌病害，如由灰霉菌、腐霉菌、丝核菌、炭疽菌、镰刀菌等引起的根腐病、立枯病、猝倒病、枯萎病、菌核病等土传病害。

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